由于脱胎于镇卫生院，广州市中西医结合医院克服底子薄、设备少而陈旧、技术薄弱、人员素质低等不足因素，知难而上，初步建立起管理严格、科室齐全、功能完善的现代化架构，确立中医为主，中西医结合的办院方针，制订较完整的管理制度、岗位制度和职责在发展中医的同时并没有一味的排斥现代医学，建立起外科、急诊科等14个临床科室，12个专科专病，引进技术骨干和学科带头人12人，完成市科委科研项目1项，添置设备210多万元，医院收入达到1200多万元。1993年当时的花都市政府批准新中医院迁建，征地48亩，并列为当年花都十大工程之一。该工程先后投资6300万元，建筑面积41790平方米，开创区中医院发展新局面。

经过三年的努力，1996年3月，广州市卫生局组织的评委会对广州市中西医结合医院的管理、医疗、护理、药剂、设备等五个方面进行验收，宣布区中医院达到二级甲等医院的建设标准，之后报国家中医药管理局予以确认。这一阶段医院注重发挥中医优势，抓好中医特色专科专病建设，在全国率先实行药品招标进货，降低药品价格和比重，风湿专病及急诊科被评定为广州市“95杏林工程”重点专病、急诊科。1998年2月新院门诊大楼建成并搬迁，原址作为福宁路分院使用，医院成为全省六所示范中医院之一。

新院住院大楼于2000年2月28日启用，区中医院有了更好的发展空间，两年间该院以内涵建设为重点，以技术和人才促兴院，承担了以广州中医药大学为主的16所大专院校的教学任务，在临床教学中实施规范的查房、会诊、疑难病讨论制度，抓好医院教学管理，提高带教水平和带教条件，医院于2001年12月被评为“广东省高等院校教学医院”，相应地被确认为“广州中医药大学教学医院”，为今后申报该校非直属附属医院创造条件。

2003年9月我区通过验收，成为“全国农村中医工作先进区”，广州市中西医结合医院作为全区中医工作的龙头单位，开展基层中医药人员的培训和中医适宜技术的推广应用，为整个创建工作做出重大的贡献。

这四年时间区中医院发展突飞猛进，平均增幅33.5％，成为全省引人瞩目的区级中医院，2006年4月24日，由省高教厅、省卫生厅、省中医药局组成的专家组对区中医院创建广州中医药大学非直属附属医院工作进行论证认定，经过评审，专家组宣布，广州市中西医结合医院验收合格成为广州中医药大学非直属附属医院。在成为“广东省高等医学院校教学医院”之后。2005年7月，医院与广州中医药大学签订共建非直属附属医院关系协议。医院履行教学医院所应承担的全部教学职责，接收包括广州中医药大学在内的多家医药院校的大批实习生，涵盖了大专生、本科生及七年制本硕连读生，为社会培养了一大批合格的医学人才。经过努力，目前医院的教学条件、教学管理、教学实施等方面都有了显著得提高。医院设置住院床位400张，实际开放460张，其中内科系统、外科系统、妇科及儿科床位总数352张，占床位总数的83.8％，每个科室均按照教学要求设置了2-4张教学病床用于专门收治教学需要的病人。医院2006年门诊量54万9千多人次，住院病人13900多人次，手术量3700多台，能满足教学的需要。医院技术力量雄厚，有2人被聘为广州中医药大学兼职教授，29人被聘为广州中医药大学兼职副教授。成为广州中医药大学非直属附属医院后，医院进一步依托广州中医药大学的技术优势、专家优势、教学优势，进一步整合中医药资源，加快医院的发展步伐，提高医院的教学管理水平和业务科研水平。用一句话来概括，依托中医名校使广州市中西医结合医院的发展如虎添翼。

广州市中西医结合医院在快速发展中并没有忽视自身的社会责任。在2006年5月22日召开的“广州市价格诚信单位表彰大会”上，花都区中医院作为首次入选的医疗单位（全广州市仅两家）在会上介绍经验，引起新闻媒体的兴趣，《南方日报》、《信息时报》及多家电视台均报道有关消息。医院多年来坚持“以病人为中心”的服务宗旨，落实便民利民为民措施，开展医院管理年及创文明行业活动，规范价格管理，提高服务质量，为病人提供人性化，充满温情的服务，以“优质、高效、低廉”服务取信于患者。在诊疗过程中注重中医药的作用，发挥中医“简、验、便、廉”的优势，医院业务量增加快于业务收入的增加，历年来广州市卫生系统的统计报表中显示，医院的门诊病人平均费用及住院病人日平均费用均处于62家公立医院的中下水平，在花都区三家区级医院中费用最低。五年来，广州市中西医结合医院与花都区政协、区残联联合为白内障贫困病人开展“白内障复明手术爱心送光明活动”，区政协港澳委员捐款80万元，承担部分费用，共有500名特困病人因此重见光明。

2007年3月份广州市中西医结合医院被确定为首批“广东省中医名院”（全省十家、全市一家）。这意味着十·一五期间医院将跨入全省中医系统领军行列。

2008年6月广州市中西医结合医院经广州市编委批复成为广州市中西医结合医院，成为广州地区中医药临床、科研、教学的重要基地。12月，根据国家中医药管理局《关于规范中医医院与临床科室名称的通知》(国中医药发〔2008〕12号)要求，“中医医院不得同时使用中西医结合医院的名称”，以及广东省中医药局（粤中医〔2008〕37号）要求整改的通知，为进一步落实广东省建设中医药强省所提出的关于“创新机制建设一批现代化中西医结合医院”、“建设高水平、有特色的中西医结合医院”的精神和广州市委、市政府建设中医药强市的战略部署，适应花都区乃至广州区域卫生规划要求，经区政府办公会议同意，医院使用“广州市中西医结合医院”作为唯一名称，不再使用“广州市花都区中医医院”名称。花都区编委于2009年3月批文同意更名为“广州市中西医结合医院”（穗花编字〔2009〕20号）。

“专科不专，特色不强”曾经是广州市中西医结合医院的“致命伤”。为解决这一问题，医院积极在挖掘潜力、突出中医药综合诊治能力上下功夫，专科专病建设取得突破性进展，相应带动医院整体水平的提高。医院通过引进培养高级中医药人才，形成合理的人才梯队，成功建成广州地区有影响力的特色专科和优势项目，例如：1、中医脑病专科发挥中西结合诊疗优势，运用循证医学理论，率先开展脑卒中病人的单元化管理，开展溶栓、抗凝、微钻碎吸、脑脊液置换等新技术，发挥即时针灸理疗、早期康复训练等特色化治疗，使脑卒中患者病程大大缩短，致残率明显下降。2、骨伤科共4个病区，160张病床，采用疗效显著的中医药疗法结合现代医学的先进技术，在骨与关节损伤、骨病骨肿瘤的诊治上以及显微手外科方面有一定的优势，开展骨伤科领域内的各项先进手术，治疗各种骨伤科疑难重症。脊柱专科以专病治疗独立成科，在短时间内引进中西医结合手段，形成技术合力，成功打造成治疗中风、椎间盘病的“超市”。3、针灸康复科具有明显中医优势，设有脊椎正骨推拿、针灸治疗、康复治疗和理疗等综合治疗，开展了龙氏推拿、浮针、腹针、醒脑开窍针法、耳针、天灸疗法、中风康复治疗、关节松动术等系列专业技术，该科开展夜诊服务，方便患者治疗。该科2007年起启动与北京中医院针灸科共建名科工程，邀请该院针灸科王麟鹏教授来院指导洽谈合作事宜，从技术、科研、培训等方面进行合作。4、制剂室于2001年和2006年分别通过广州市药监局的验收及复审，是广州地区仅有的两家中医医院院内制剂室，每年为医院贡献产值300万元，有获得省药监局批准文号品种24个，有4个品种获得市、区科技成果奖励，1个获得广州市医院优质制剂品种称号。还有2个在省中医药局科研立项，1个在市卫生局立项，6个在花都区科技局立项。医院通过技术创新和科研攻关，提升专科技术水平，各专科每年开展8－26项新技术，申报1－2项省市级科研课题，其中骨伤科开发出骨伤系列合剂，获得花都区科学技术奖二等奖。该科正承担省市科研课题各一项。此外医院抓好专科间的整合和协作，如脑病专科、骨伤科、脊柱专科等与针灸康复科在治疗上进行渗透，由于康复技术的引入，提高三个专科的治疗手段，提高疗效，缩短疗程，相应也提高康复科的档次和水平。

2008年3月，区政府《关于印发花都区2008年主要建设项目投资计划的通知》（花府办[2008]15号）将广州市中西医结合医院新住院综合大楼工程列入2008年主要建设项目。

2008年底，按照《中医医院分级管理办法和标准》、《重点中西医结合医院建设工作目标和要求》及《中医医院管理评价指南(2008版)》，广州市中西医结合医院组织自查，并多次邀请中山大学附属医院、广州中医药大学附属医院、省中医院的专家进行辅导检查，经自评，医院达到三级甲等中医医院标准。2009年3月，经广东省中医药局核准，广州市中西医结合医院成为三级甲等中西医结合医院。2010年7月，“三级甲等中西医结合医院”揭牌，区委及省、市局领导出席了揭牌仪式。

随后几年，广州市中西医结合医院在内涵及软实力建设上取得诸多突破。2010年5月份来自印尼、泰国的8位国际烧伤专业专家来院与外科及烧伤疮疡专科专家就烧伤治疗进行广泛交流。医院对烧伤患者在无菌条件下创面伤膏外敷、后期烧伤疤痕及创面处理上有一套成熟的做法，引起了印、泰专家的兴趣。7月份日本名古屋大学医学部骨科长谷川幸治教授莅临广州市中西医结合医院骨科进行手术指导与交流。9月份广东省中西医结合创伤骨科AO技术培训班第七期由医院骨伤科成功承办。2011年，广州市中西医结合医院被国家中医药管理局正式纳入全国重点中西医结合医院创建单位；院领导班子进行调整后，院党支部经区卫生局党委批复为党总支；编制床位数经广州市卫生局批复，由原来的200张增加到800张；被列入区2008——2010重大建设项目的住院综合大楼建设项目顺利完成招标，前期附属楼和地下停车场建设项目相继破土动工；新购置和投入使用核磁共振及16排西门子螺旋CT。2012年，医院脑病科是国家重点专科（中西医协同科室）建设项目、肿瘤科被纳入国家中医药管理局“十二·五”重点专科建设单位，脑病科、骨伤科、肾病科被纳入广东省中医药管理局“十二·五”重点专科建设单位；脑病科成为国家重点中医专科协作组新增成员单位，主办了广东省中医脑病分会常务扩大会议；针灸科通过国家中医药管理局农村医疗机构针灸康复理疗特色专科验收，成为国家中医医疗技术协作组成员单位，参与五项针法、灸法技术国家标准的修订；骨伤科获广东省中医特色专科称号，主办广东省第七期中医创伤骨科AO培训班；烧伤疮疡专科开展了中西医结合重点专科协作组工作。广州市中西医结合医院还对文化进行整合，提炼出核心理念、服务理念，确立发展战略；设计出符合医院多重属性的院徽标志；规范设计医务人员言行举止、着装仪容、接人待物以及工作服务流程；整合、规范医院标准色彩、标准字体、标准组合等基本要素设计系统及应用设计系统；设计制作导识标志，方便引导患者就诊，营造了医院新形象。另外，医院不断优化服务流程，落实便民举措，推行使用门诊电子病历、电子诊疗一卡通、信息发布叫号系统、预摆药系统、预约挂号系统；增设服务台，和收费窗口；明显减少病人在交费、检查、取药、就诊等各个环节的等候时间。

至2012年6月，广州市中西医结合医院接受国家中医药管理局组织的三级医院复审。全院干部职工精诚团结，迎难而上，顽强拼搏，不计个人得失，加班加点，全力以赴投入准备工作，以扎实的工作成效完成复审工作，使医院成为我省第一家通过复审的三级甲等中西医结合医院。通过国家级评审，是医院发展史上的一件大事喜事，具有里程碑式意义，它对于建立大型现代化综合性医院，建设广州北部区域性服务标杆医院，以及创建“全国重点中西医结合医院”具有重大的意义，医院已站立在新的发展起点，向着既定的目标迈进。

广州市中西医结合医院的腾飞得益于花都区社会经济的快速发展，正是政府以远见和勇气征地迁建医院，为医院的腾飞创造基础。花都人口的大量涌入，各种医疗保障制度的普及和完善，让广大市民能看好病看得起病。天时地利加上人和，促成广州市中西医结合医院今天的成就。这片中医杏林在辛勤汗水的浇灌下正根深叶茂，满园芬芳，令花都和广州为之骄傲。